Les premières mentions de Bouteilles remontent à une charte du 7ème siècle  qui concernait les salines : le village possédait en effet de nombreuses salines, objets de convoitises des plus grandes abbayes normandes du 11ème au 16ème siècle.

La terre et seigneurie de Bouteilles est cédée à l’archevêque Gautier de Coutances en 1197 par Richard Cœur de Lion en échange de la Roche des Andelys.

L’archevêque obtint ainsi des droits sur les salines, que se sont partagées la plupart des monastères de la région. Les moines firent un tel commerce du sel extrait des salines qu’ils s’installèrent à Bouteilles pour y établir un grenier à sel puis un prieuré. Il est mentionné pour la première fois en 1234.

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Du 12ème au 14ème siècle, l’existence d’un prieuré cistercien et de vignobles est signalée dans le hameau de Bernesault (ancien quartier de Bouteilles). Au 14ème siècle, les salines étaient en pleine prospérité ; il se faisait alors une consommation  considérable de poisson et tout spécialement de hareng salé, ce qui nécessitait une grande quantité de sel. A cette époque, l’Arques, profond et large, permettait aux navires de venir prendre leur chargement aux ports de Bouteilles.

Au 15ème siècle, plusieurs causes amenèrent la décadence de cette industrie locale : la mer qui semblait reculer, l’Arques qui s’envasait, ne permit plus aux barques d’atteindre Bouteilles, le climat se refroidissant rendait plus lente l’évaporation ; et le bois se faisant plus rare, l’ébullition finale devenait plus coûteuse.  Quelques exploitations cependant subsistaient au 16ème siècle, mais peu à peu, ces salines abandonnées se transformèrent en marais, avant de servir de prés salés.

La date de construction du Prieuré remonte au 16ème siècle. Édifié pour servir de résidence principale par la famille d’Hacquenouville dont l’un des plus illustres membres fut Roger d’Hacquenouville, chambellan du roi de France Charles VI au début du 15ème siècle. Ce manoir passa aux mains d’une communauté religieuse en 1692. Les Jésuites de Dieppe s’y installèrent peu après et y demeurèrent jusqu’en 1762. Ses murs, heureux assemblage de grès et de silex, constituaient au 17ème siècle une agréable maison de campagne pour les Pères Jésuites de Dieppe.

Le monument fut vendu comme bien national pendant la Révolution ; l’acte précise que le bien est un « manoir presbytéral consistant en une cuisine, salle,  chambre, cellier, écuries, granges et avec un jardin le tout contenant une vergée et demi ». (environ 1 500 m²)

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Le manoir adoptait un plan rectangulaire, avec une tour carrée à créneaux au nord-ouest.

Cette tour est la partie la plus ancienne, sorte de campanile, qui abrite désormais l’escalier principal (les escaliers n’ont été installés qu’au 19ème siècle : les moines devaient utiliser une échelle.) Cet agrandissement du 19ème siècle a aussi intégré la tour dans un plan rectangulaire commun dotée d’un toit terrasse.

La partie contemporaine au nord-est est octogonale, les murs sont en moellons de calcaire ajourés et parés de silex et d’inclusion en grès, comme sur les murs anciens.

Le manoir est construit sur une cave voûtée et il est couvert de tuiles.

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La cheminée du Petit Salon,  actuel bureau du Maire, a été restaurée en 1993 par Christiane Lalitte, la partie centrale était en effet très abîmée et l’artiste a étudié les côtés de la cheminée pour pouvoir reconstituer le décor. Christiane Lalitte a par ailleurs réalisé les vitraux de la Chapelle Sainte Thérèse, chapelle sise en contrebas du Prieuré.

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Dans le Grand Salon, c’est-à-dire la salle de réception, se trouvait le piano de Claude Delvincourt. C’est dans cette salle que le musicien recevait des hôtes prestigieux. En effet, le Manoir d’Hacquenouville fut la propriété de la famille du compositeur Claude Delvincourt dont le grand-père avait acheté la demeure en  1869. L’illustre musicien y habita jusqu’à sa mort en 1954.

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Au cours de cette période, de nombreux remaniements furent effectués, notamment l’arasement des meneaux et l’installation de nombreuses lucarnes.

L’extension du logis vers 1935 a été réalisée par l’architecte Féret.

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Le monument, acheté par la commune en 1980, abrite désormais la  mairie. Une tourelle a été ajoutée au nord-est en 2001 pour  un meilleur accueil du public.

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Dans le parc se trouve un if plus que centenaire situé en arrière du prieuré.